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Recent scientific advances have revolutionized cancer research and practice, creating a body of molecular biology information that is important to research scientists and clinical oncologists alike. Cancer: Principles and Practice of Oncology: Primer of the Molecular Biology of Cancer, 3rd Edition, keeps you up to date with all thatâs new in this rapidly changing field.
Derived from DeVita, Hellman, and Rosenbergâs Cancer: Principles and Practice of Oncology â widely regarded as the definitive clinical reference in oncology â the third edition of this popular Primer provides a single-volume, highly focused reference on every important frontier in the molecular biology of cancer.
- Compiles the knowledge and experience of leading scientists and clinicians in the field.
- Provides separate chapters on each of the 18 most common cancer types, with state-of-the-art information on how molecular biology advances are impacting clinical practice.
- Includes a thorough chapter on genetic counseling and genetic testing to help you navigate the challenges and ethical dilemmas of cancer genetics.
- Covers key topics such as Hallmarks of Cancer, Precision Medicine in Oncology, Cancer Immunotherapy, Pharmacogenomics, and many more.
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Table of Contents:
1. Â Â Â Contributors
2. Â Â Â PART I: Principles of Molecular Oncology
3. Â Â Â
1. The Cancer Genome
4.    Yardena Samuels, Alberto Bardelli, Yochai Wolf, and Carlos López-Otin
5. Â Â Â Introduction
6. Â Â Â Cancer Genes and Their Mutations
7. Â Â Â Identification of Cancer Genes
8. Â Â Â Cancer Gene Discovery by Sequencing Candidate Gene Families
9. Â Â Â Mutational Analysis of Exomes Using Sanger Sequencing
10. Â Next-Generation Sequencing and Cancer Genome Analysis
11. Â Whole-Genome Analysis Utilizing Second-Generation Sequencing
12. Â Whole-Exome Analysis Utilizing Second-Generation Sequencing
13. Â Somatic Alteration Classes Detected by Cancer Genome Analysis
14. Â Pathway-Oriented Models of Cancer Genome Analysis
15. Â Passenger and Driver Mutations
16. Â Networks of Cancer Genome Projects
17. Â The Genomic Landscape of Cancers
18. Â Single-Cell Genomics
19. Â Integrative Analysis of Cancer Genomics
20. Â Immunogenomics
21. Â The Cancer Genome and the New Taxonomy of Tumors
22. Â Liquid Biopsies as a Diagnosis Tool
23. Â Clinical Applications of Liquid Biopsies
24. Â Cancer Genomics and Drug Resistance
25. Â Perspectives of Cancer Genome Analysis
26. Â Acknowledgments
27. Â
2. Molecular Methods in Cancer
28. Â Larissa V. Furtado, Jay L. Hess, and Bryan L. Betz
29. Â Applications of Molecular Diagnostics in Oncology
30. Â Biomarker Genetics
31. Â Use of Biomarkers in Diagnosis
32. Â Use of Biomarkers in Prognosis
33. Â Use of Biomarkers in Predicting Response to Therapy
34. Â Use of Biomarkers in Therapeutic Disease Monitoring
35. Â Use of Biomarkers in Risk Assessment and Cancer Prevention
36. Â The Clinical Molecular Diagnostics Laboratory: Rules and Regulations
37. Â Specimen Requirements for Molecular Diagnostics
38. Â Molecular Diagnostics Testing Process
39. Â Targeted Mutation Analysis Methods
40. Â Polymerase Chain Reaction
41. Â Real-time Polymerase Chain Reaction
42. Â Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction
43. Â Allele-Specific Polymerase Chain Reaction
44. Â Fragment Analysis
45. Â Sanger Sequencing
46. Â Pyrosequencing
47. Â Methylation Analysis
48. Â Microsatellite Instability Analysis/Assessment of Mismatch Repair Deficiency
49. Â Fluorescence In Situ Hybridization
50. Â Whole-Genome Analysis Methods
51. Â Next-Generation Sequencing
52. Â Genomic Microarrays
53. Â Expression Panels
54. Â Immunohistochemistry for Tumor Biomarkers
55. Â PD-L1
56. Â ALK and ROS1
57. Â BRAFV600E
58. Â Cell-Free DNA Technologies
59. Â
3. Hallmarks of Cancer: An Organizing Principle for Cancer Medicine
60. Â Douglas Hanahan and Robert A. Weinberg
61. Â Introduction
62. Â Hallmark Capabilities, In Essence
63. Â Sustaining Proliferative Signaling
64. Â Somatic Mutations Activate Additional Downstream Pathways
65. Â Disruptions of Negative-Feedback Mechanisms that Attenuate Proliferative Signaling
66. Â Excessive Proliferative Signaling Can Trigger Cell Senescence
67. Â Evading Growth Suppressors
68. Â Mechanisms of Contact Inhibition and Its Evasion
69.  Corruption of the Transforming Growth Factor β Pathway Promotes Malignancy
70. Â Resisting Cell Death
71. Â Autophagy Mediates Both Tumor Cell Survival and Death
72. Â Necrosis Has Proinflammatory and Tumor-Promoting Potential
73. Â Enabling Replicative Immortality
74. Â Reassessing Replicative Senescence
75. Â Delayed Activation of Telomerase May Both Limit and Foster Neoplastic Progression
76. Â Inducing Angiogenesis
77. Â Gradations of the Angiogenic Switch
78. Â Endogenous Angiogenesis Inhibitors Present Natural Barriers to Tumor Angiogenesis
79. Â Pericytes Are Important Components of the Tumor Neovasculature
80. Â A Variety of Bone MarrowâDerived Cells Contribute to Tumor Angiogenesis
81. Â Activating Invasion and Metastasis
82. Â The Epithelial-to-Mesenchymal Transition Program Broadly Regulates Invasion and Metastasis
83. Â Heterotypic Contributions of Stromal Cells to Invasion and Metastasis
84. Â Plasticity in the Invasive Growth Program
85. Â Distinct Forms of Invasion May Underlie Different Cancer Types
86. Â The Daunting Complexity of Metastatic Colonization
87. Â Reprogramming Energy Metabolism
88. Â Evading Immune Destruction
89. Â Two Ubiquitous Characteristics Facilitate the Acquisition of Hallmark Capabilities
90. Â An Enabling Characteristic: Genome Instability and Mutation
91. Â An Enabling Characteristic: Tumor-Promoting Inflammation
92. Â The Constituent Cell Types of the Tumor Microenvironment
93. Â Cancer-Associated Fibroblasts
94. Â Endothelial Cells
95. Â Pericytes
96. Â Immune Inflammatory Cells
97. Â Stem and Progenitor Cells of the Tumor Stroma
98. Â Heterotypic Signaling Orchestrates the Cells of the Tumor Microenvironment
99. Â Coevolution of the Tumor Microenvironment During Carcinogenesis
100. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cancer Cells, Cancer Stem Cells, and Intratumoral Heterogeneity
101. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Therapeutic Targeting of the Hallmarks of Cancer
102. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion and a Vision for the Future
103. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Acknowledgment
104. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
4. Oncogenic Viruses
105. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Christopher B. Buck, Lee Ratner, and Giovanna Tosato
106. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Principles of Tumor Virology
107. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Papillomaviruses
108. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â History
109. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tissue Tropism and Gene Functions
110. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human Papillomavirus Vaccines
111. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Oropharyngeal Cancer
112. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Nonmelanoma Skin Cancer
113. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bladder Cancer
114. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Polyomaviruses
115. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â History
116. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â BK Polyomavirus
117. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Merkel Cell Polyomavirus
118. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Human Polyomaviruses
119. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epstein-Barr Virus
120. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â History
121. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epstein-Barr Virus Life Cycle
122. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Lymphomas
123. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Carcinomas
124. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Prevention and Treatment
125. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Kaposi Sarcoma Herpesvirus
126. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â History and Epidemiology
127. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Kaposi SarcomaâAssociated Herpesvirus in Kaposi Sarcoma
128. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Lymphoproliferative Disorders
129. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Animal and Human Retroviruses
130. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human T-Cell Leukemia Virus Epidemiology
131. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human T-Cell Leukemia Virus Molecular Biology
132. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Characteristics and Treatment of Human T-lymphotropic Virus 1âAssociated Malignancies
133. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatitis Viruses
134. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatitis B Virus
135. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatitis C Virus
136. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatitis Virus Pathogenesis
137. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Characteristics and Treatment of Hepatitis VirusâAssociated Malignancies
138. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
139. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
5. DNA Repair in Normal and Cancer Cells
140. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Meredith A. Morgan and Theodore S. Lawrence
141. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
142. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Radiation-Induced DNA Damage
143. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cellular Responses to Radiation-Induced DNA Damage
144. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell Cycle Checkpoint Pathways
145. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â DNA Repair
146. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Metabolism
147. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Innate Immune Response
148. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chromosome Aberrations Result from Faulty DNA Double-Strand Break Repair
149. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Membrane Signaling
150. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Effect of Radiation on Cell Survival
151. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â In Vivo Survival Determination of Normal Tissue Response to Radiation
152. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â In Vivo Determination of Tumor Response to Radiation
153. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Factors That Affect Radiation Response
154. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Fundamental Principles of Radiobiology
155. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dose-Rate Effects
156. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Relative Biologic Effectiveness
157. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Stereotactic Radiosurgery and Stereotactic Body Radiation Therapy
158. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell Cycle
159. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumor Oxygenation
160. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Response
161. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Signatures
162. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Drugs That Affect Radiation Sensitivity
163. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Antimetabolites
164. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Platinums and Temozolomide
165. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Taxanes
166. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecularly Targeted Agents
167. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immunotherapy
168. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Radiation Protection
169. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
6. Microbiome and Cancer
170. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Giorgio Trinchieri
171. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
172. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cancer as a Disease of the Metaorganism
173. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bacteria as Cause of Cancer
174. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Helicobacter pylori and Stomach Cancer
175. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Colorectal Cancer
176. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumors in Tissues Not Directly Colonized by the Microbiota
177. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Microbiota Modulates Cancer-Predisposing Conditions and Comorbidity
178. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bacteria as Cancer Drugs
179. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Microbiota and Drug Metabolism
180. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Microbiota and Chemotherapy
181. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Microbiota and Immunotherapy
182. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Checkpoint Blockers: Anti-CTLA-4
183. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Checkpoint Blockers: Anti-PD-1/PD-L1
184. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Looking Forward
185. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
7. Precision Medicine in Oncology
186. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â James H. Doroshow
187. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
188. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Approach to Precision Medicine in Oncology
189. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Next-Generation DNA Sequencing for Precision Oncology
190. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Broadening the Spectrum of Molecular Characterization
191. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Preclinical Models to Inform Precision Oncology
192. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Role of Molecular Pharmacodynamics and Diagnostics in Precision Oncology
193. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human Biospecimens for Molecular Characterization
194. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Pharmacodynamics in Precision Oncology
195. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Predictive Diagnostic Assays
196. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Precision Oncology Clinical Trials and Trial Designs
197. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Imaging and Precision Oncology
198. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Precision Prevention
199. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Future Prospects
200. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
8. Cancer Immunotherapy
201. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Jeffrey Weber and Iulia Giuroiu
202. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
203.               Interferon-α
204. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Interleukin-2
205. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Talimogene Laherparepvec
206. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Granulocyte Macrophage Colony-Stimulating Factor
207. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumor-Infiltrating Lymphocytes
208. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Checkpoint InhibitorsâCytotoxic T-Lymphocyte Antigen 4 and Programmed Cell Death Protein 1
209. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cytotoxic T-Lymphocyte Antigen 4 Blockade
210. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Programmed Cell Death Protein 1 and Programmed Cell Death Protein Ligand 1 Blockade
211. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Melanoma
212. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Nonâsmall-cell Lung Cancer
213. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mismatch-Repair Deficient or Microsatellite Instability-High Cancers
214. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Renal Cell Carcinoma
215. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hodgkin Lymphoma
216. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
217. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Urothelial Carcinoma
218. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Merkel Cell Carcinoma
219. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatocellular Carcinoma
220. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Gastric Cancer
221. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cervical Cancer
222. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Primary Mediastinal Large B-Cell Lymphoma
223. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dosing
224. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Vaccines
225. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Sipuleucel-T
226. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
227. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
9. Immunotherapy Agents
228. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Jeffrey A. Sosman and Douglas B. Johnson
229. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
230. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human Tumor Antigens
231. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutanome-Associated Neoantigens
232. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumor Vaccines
233. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Personalized Neoantigen Vaccination
234. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Checkpoint Inhibitors
235. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Immune Checkpoint Inhibitors in Development
236. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Anti-TIGIT
237. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TIM-3
238. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â LAG-3
239. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KIR
240. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CD73
241. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â VISTA
242. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â B7-H3
243. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Checkpoint Activators
244. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 4-1BB (CD137)
245. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â GITR
246. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ICOS
247. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CD40
248. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CD27-CD70
249. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â OX40
250. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Oncolytic Viruses
251. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Talimogene Laherparepvec
252. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Oncolytic Viruses
253. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Factors to Activate Immune Effector Cells
254. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cytokines
255. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â IL-2 Variant Molecules
256. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Signaling Modulation
257. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â STAT3 Inhibition
258.               PI3Kδ Inhibitors
259.               PI3Kγ Inhibitors
260. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chemokine Inhibitors
261. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CXCR2 Inhibitors
262. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CCR2 Inhibitors
263. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CXCR4 Inhibitors
264. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CCR4 Antibodies
265. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CCR5 Inhibitors
266. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Soluble Factors
267. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â IDO Inhibition
268. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Arginase Inhibitor
269.               TGF-β Kinase Inhibitors
270.               Adenosine A2α Receptor Axis
271. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adenosine Receptor Inhibitors
272. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Innate Immune Modulation
273. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pathogen-Associated Molecular Patterns, Damage-Associated Molecular Patterns, and Pattern Recognition Receptors
274. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Toll-Like Receptor Modulators
275. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â STING Agonists
276. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Anti-CD47 Monoclonal Antibodies
277. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Colony-Stimulating Factor 1 Receptor Inhibition
278. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bifunctional Fusion Proteins
279. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immunocytokines
280. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adoptive Cell Therapy
281. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy
282. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
10. Monoclonal Antibodies
283. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hossein Borghaei, Matthew K. Robinson, Gregory P. Adams, and Louis M. Weiner
284. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
285. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immunoglobulin Structure
286. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Structural and Functional Domains
287. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Modified Antibody-Based Molecules
288. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Factors Regulating Antibody-Based Tumor Targeting
289. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Antibody Size
290. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumor Antigens
291. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Half-Life/Clearance Rate
292. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Glycosylation
293. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Unconjugated Antibodies
294. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell-Mediated Cytotoxicity
295. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Complement-Dependent Cytotoxicity
296. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Altering Signal Transduction
297. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immunoconjugates
298. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â AntibodyâDrug Conjugates
299. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Radioimmunoconjugates
300. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Antibodies Approved for Use in Solid Tumors
301. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Trastuzumab
302. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pertuzumab
303. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cetuximab
304. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Panitumumab
305. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Necitumumab
306. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bevacizumab
307. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ado-Trastuzumab Emtansine
308. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ramucirumab
309. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Denosumab
310. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Antibodies Used in Hematologic Malignancies
311. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rituximab
312. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ofatumumab
313. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Alemtuzumab
314. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Brentuximab Vedotin
315. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inotuzumab Ozogamicin
316. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Obinutuzumab
317. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Blinatumomab
318. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Daratumumab
319. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Elotuzumab
320. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dinutuximab
321. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Olaratumab
322. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
323. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
11. Cancer Susceptibility Syndromes
324. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Alice Hawley Berger and Pier Paolo Pandolfi
325. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
326. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Principles of Cancer Susceptibility
327. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The âTwo-Hitâ Paradigm
328. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â What Is the Function of a Tumor Suppressor?
329. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Haploinsufficiency and Compound Haploinsufficiency
330. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Testing
331. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cancer Susceptibility Syndromes
332. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Retinoblastoma
333. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Incidence
334. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Basis
335. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Mechanism
336. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mouse Models
337. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Features and Therapeutic Intervention
338. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Most Prevalent Syndromes
339. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Lynch Syndrome
340. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Breast and Ovarian Cancer
341. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Neurofibromatosis Type 1
342. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Adenomatous Polyposis
343. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Syndromes, by Function
344. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genomic Integrity and Apoptosis
345. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Regulation of Protein Translation
346. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Proliferation
347. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Angiogenesis
348. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Principles of Cancer Chemoprevention
349. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Emerging Knowledge and New Lessons
350. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Germline Mutations in Sporadic Cancer
351. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Weak Modifiers
352. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetic Factors
353. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Role of Noncoding RNAs
354. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Regulatory Genome
355. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â High-Throughput Methods for Understanding Cancer Variants
356. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
357. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
12. Pharmacogenomics
358. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Christine M. Walko and Howard L. McLeod
359. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
360. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pharmacogenomics of Tumor Response
361. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pathway-Directed Anticancer Therapy
362. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic-Guided Therapy: Practical Issues in Somatic Analysis
363. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pharmacogenomics of Chemotherapy Drug Toxicity
364. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Thiopurine Methyltransferase
365. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dihydropyrimidine Dehydrogenase
366. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusions and Future Directions
367. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
13. Genetic Counseling
368. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Danielle C. Bonadies, Meagan B. Farmer, and Ellen T. Matloff
369. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
370. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Who is a Candidate for Cancer Genetic Counseling?
371. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Components of the Cancer Genetic Counseling Session
372. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Precounseling Information
373. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Family History
374. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dysmorphology Screening
375. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Risk Assessment
376. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Testing
377. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Options for Surveillance, Risk Reduction, and Tailored Treatment
378. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Follow-up
379. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Issues in Cancer Genetic Counseling
380. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Test Selection and Approaches
381. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Management of the Patient with a Pathogenic Variant in a Moderate-Risk or Lesser Known Gene
382. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Testing in Children
383. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Reproductive Issues
384. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Potential Germline Implications of Tumor Genomic Profiling
385. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Changes in Delivery Models
386. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Direct-to-Consumer Genetic Testing
387. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Psychosocial Issues
388. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Confidentiality
389. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Insurance and Discrimination Issues
390. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Future Directions
391. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Whole-Genome Sequencing and Whole-Exome Sequencing
392. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â General Population Testing
393. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CRISPR
394. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
395. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â PART II: Molecular Biology of Individual Cancers
396. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
14. The Molecular Biology of Head and Neck Cancers
397. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Thomas E. Carey, Mark E. Prince, and J. Chad Brenner
398. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Incidence, Risk Factors, and Etiology
399. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Oral Tongue Cancer in Young Patients
400. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â High-Risk Hpv in Oropharyngeal Cancer
401. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Mechanisms in Hnscc
402. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Cancer Genome Atlas Project
403. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inhibition of Hnscc Immune Escape
404. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cancer Stem Cells
405. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
15. The Molecular Biology of Lung Cancer
406. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Jill E. Larsen and John D. Minna
407. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
408. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genomics: Tools for Identification, Prediction, and Prognosis
409. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Somatic Landscape of Lung Cancer
410. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Characterization of Aberrant Pathways
411. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Transcriptome Profiling
412. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Proteomic Approaches
413. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Lessons Learned and Future Directions
414. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Functional Genomics in Lung Cancer
415. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genome-wide RNA-Based and shRNA-Based Screening
416. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CRISPR-Cas9 Gene Editing
417. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Preclinical Model Systems for Studying Lung Cancer
418. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic and Epigenetic Alterations in Lung Cancer
419. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â EGFR/HER2/MET Signaling
420. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â EGFR
421. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ERBB2 (HER2)
422. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MET
423. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAS/RAF/MAPK Pathway
424. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAS
425. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAF
426. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MEK (MAP2K1 or MEK1)
427. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MYC
428. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pl3K/AKT/mTOR Pathway
429. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â STK11 (LKB1)
430. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Insulin Growth Factor Pathway
431. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Fibroblast Growth Factor Pathway
432. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The p53 Pathway
433. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The p16INK4a-RB Pathway
434. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Fusion Proteins
435. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ALK
436. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ROS1
437. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RET
438. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â NTRK
439. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â BRAF
440. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â EGFR
441. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetic Changes in Lung Carcinogenesis
442. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Methylation and Chromatin Remodeling
443. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Noncoding RNAs
444. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â NFIB, a Metastasis-Inducing Transcription Factor
445. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KDM Lysine Demethylases (JumonjiC) as an Epigenomic Drug Resistance Mechanism
446. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Metastasis and the Tumor Microenvironment
447. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epithelial-to-Mesenchymal Transition
448. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Angiogenesis
449. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Checkpoint Inhibition
450. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Exosomes as a Source of Information on Tumor Molecular Alterations
451. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Lung Cancers Stem Cells
452. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Telomerase-Mediated Cellular Immortality in Lung Cancer
453. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Translation of Molecular Data
454. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Current Translation of Rationale-based Targeted Therapy
455. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Potential for Future Clinical Translation
456. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
16. Molecular Biology of the Esophagus and Stomach
457. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Anil K. Rustgi
458. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
459. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Biology of Esophageal Cancer
460. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epidermal Growth Factor Receptor
461. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cyclin D1 and p16INK4a
462. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TP53 Tumor Suppressor Genes
463. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Telomerase Activation
464. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tumor Invasion and Metastasis
465. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Models of Esophageal Squamous Cell Cancer and Esophageal Adenocarcinoma
466. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Functional Genomics
467. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Biology of Gastric Cancer
468. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inherited Susceptibility
469. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Role of Helicobacter pylori Infection and Other HostâEnvironmental Factors
470. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Genetic Alterations
471. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Models of Gastric Cancer
472. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
17. The Molecular Biology of Pancreas Cancer
473. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Scott E. Kern and Ralph H. Hruban
474. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
475. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Common Genetic Changes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
476. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Less-Prevalent Genetic Changes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
477. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Neoplastic Lesions
478. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
18. Molecular Biology of Liver Cancer
479. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Jens U. Marquardt and Snorri S. Thorgeirsson
480. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
481. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Alterations in Liver Cancer
482. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetic Alterations in Liver Cancer
483. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutational Landscape of Genetic AlterationsâThe Next Generation
484. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Microenvironment of Liver Cancer
485. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Classification and Prognostic Prediction of Hepatocellular Carcinoma
486. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Basis of Cholangiocarcinoma
487. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion and Perspective
488. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
19. Molecular Biology of Colorectal Cancer
489. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ramesh A. Shivdasani
490. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
491. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Multistep Models of Colorectal Cancer and Genetic Instability
492. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutational and Epigenetic Landscapes in Colorectal Cancer
493. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Insights from Mouse Intestinal Crypts and Human Colorectal Cancers Lead to a Coherent Model for Colorectal Cancer Initiation and Progression
494. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â WNT Signaling
495. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Growth Factor Pathways
496. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inherited Syndromes of Increased Cancer Risk Highlight Early Events and Critical Pathways in Colorectal Tumorigenesis
497. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Adenomatous Polyposis and the Central Importance of WNT Signaling
498. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Nonpolyposis Colorectal Cancer and the Role of DNA Mismatch Repair
499. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Inherited Syndromes with Elevated Colorectal Cancer Risk
500. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Juvenile Polyposis
501. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Insights from Mendelian Syndromes, Genome-Wide Association Studies, and the Microbiome
502. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Oncogene and Tumor Suppressor Gene Mutations in Colorectal Cancer Progression
503. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The KRAS, BRAF, and PIK3CA Oncogenes
504. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MYC, CDK8, and Control of Cell Growth and Metabolism
505. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TP53 and Other Tumor Suppressors
506. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Prognostic and Predictive Value of Tumor Genotypes and Molecular Properties
507. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
20. Molecular Biology of Kidney Cancer
508. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â W. Marston Linehan and Laura S. Schmidt
509. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
510. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clear Cell Renal Cell Carcinoma
511. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â von Hippel-Lindau Disease
512. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetics of von Hippel-Lindau Disease: VHL Gene
513. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Gene Mutated in Renal Cancer Families with Chromosome 3p Translocations
514. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Sporadic Clear Cell Kidney Cancer: VHL Gene Mutation
515. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Function of the von Hippel-Lindau Protein
516. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Additional Genes Mutated in Clear Cell Kidney Cancer
517. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Papillary Renal Cell Carcinoma
518. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Papillary Renal Carcinoma: Type 1 Papillary
519. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetics of Hereditary Papillary Renal Carcinoma: MET Protooncogene
520. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Papillary Renal Carcinoma: Functional Consequences of MET Mutations
521. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Sporadic Type 1 Papillary Renal Cell Carcinoma
522. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Xp11.2 Translocation Renal Cell Cancer
523. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Leiomyomatosis and Renal Cell Carcinoma: Type 2 Papillary
524. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Leiomyomatosis and Renal Cell Carcinoma: Fumarate Hydratase Gene
525. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Functional Consequences of Fumarate Hydratase Mutations
526. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Sporadic Type 2 Papillary Renal Cell Carcinoma
527. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chromophobe Renal Cell Carcinoma
528.               Birt-Hogg-Dubé Syndrome
529.               Birt-Hogg-Dubé Syndrome: FLCN Gene
530.               Function of the Birt-Hogg-Dubé Protein: Folliculin
531. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Sporadic Chromophobe Renal Cell Carcinoma
532. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Additional Types of Renal Cell Carcinoma
533. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tuberous Sclerosis Complex
534. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Succinate DehydrogenaseâAssociated Renal Cancer
535. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
536. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
21. Molecular Biology of Bladder Cancer
537. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Carolyn D. Hurst and Margaret A. Knowles
538. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
539. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutational Landscape
540. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutation Rates, Mutational Signatures, and Mutational Processes
541. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FGFR3, PIK3CA, and RAS Genes
542. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Telomerase Reverse Transcriptase Promoter
543. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TP53, RB1, and CDKN2A
544. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genes Involved in Chromatin Modification and Architecture
545. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â STAG2
546. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Alterations in DNA Repair Pathways
547. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Structural Alterations to the Genome
548. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Heterogeneity and Clonal Evolution
549. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Subtypes
550. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â DNA-Based Subtypes
551. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Transcriptome-Based Subtypes
552. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Therapeutic Opportunities and Future Outlook
553. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
22. The Molecular Biology of Prostate Cancer
554. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Charles Dai and Nima Sharifi
555. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
556. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Genomic Landscape of Prostate Cancer
557. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Molecular Subtypes of Primary Prostate Cancer
558. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ETS Family Gene Fusions
559. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Speckle-Type POZ Protein Mutations
560. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Forkhead Box A1 Mutations
561. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Serine Peptidase Inhibitor, Kazal Type 1 Overexpression
562. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Isocitrate Dehydrogenase 1 Mutations
563. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Clonal Evolution of Lethal Metastatic Prostate Cancer
564. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Basis of Prostate Cancer Heritability
565. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Androgen Signaling in Prostate Cancer
566. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â androgen Receptor Structure and Function
567. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â androgen Receptor Action
568. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Intratumoral androgen Biosynthesis
569. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Glucocorticoid Signaling in Treatment Resistance
570. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Signaling Pathways in Prostate Cancer
571. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Phosphatidylinositol 3-Kinase/AKT/Mammalian Target of Rapamycin Pathway
572. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Other Signaling Pathways in Prostate Cancer
573. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell Cycle Aberrations
574. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Neuroendocrine Prostate Cancer
575. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Areas of Ongoing Research and Emerging Therapeutic Approaches
576. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â DNA Repair Pathway
577. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetic Alterations
578. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
579. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
23. Molecular Biology of Gynecologic Cancers
580. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Tanja Pejovic, Adam J. Krieg, and Kunle Odunsi
581. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
582. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ovarian Cancer
583. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Origins of Epithelial Ovarian Cancer
584. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Pathways to Ovarian Cancer
585. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inherited Syndromes of Ovarian Cancers
586. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Targeting Homologous Recombination Defects in Gynecologic Cancer
587. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ovarian Cancer Microenvironment, Metastases, and Angiogenesis
588. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ovarian Cancer Microenvironment
589. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Angiogenesis and Tumor Hypoxia
590. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Influences of the Microenvironment on Tumor Metastasis
591. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetics
592. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Role of Specific Immune Responses and Immunotherapy
593. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Inhibitory Network and Immune Checkpoint Inhibitors in Ovarian Cancer
594. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immunotherapy Clinical Trials in Ovarian Cancer
595. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adoptive Cellular Transfer Therapy
596. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Endometrial Cancer
597. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Type I Cancers
598. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Type II Endometrial Cancer
599. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Microsatellite Instability
600. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â PTEN
601. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KRAS Mutations
602.               β-Catenin
603. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cervix, Vaginal, and Vulvar Cancers
604. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Role of Human Papillomavirus
605. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Immune Evasion by Human Papillomavirus
606. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human Papillomavirus Vaccines
607. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adoptive T-Cell Therapy
608. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
24. Molecular Biology of Breast Cancer
609. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ana T. Nunes, Tara Berman, and Lyndsay Harris
610. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
611. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetics of Breast Cancer
612. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hereditary Breast Cancer
613. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â High-Penetrance, Low-Frequency Genes
614. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Moderate-Penetrance, Low-Frequency Genes
615. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Low-Penetrance, High-Frequency Genes and Loci
616. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Microsatellite Instability in Breast Cancer
617. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Somatic Alterations in Breast Cancer
618. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Copy Number Alterations in Breast Cancer
619. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Transcriptional Profiles of Breast CancerâMolecular Subtypes
620. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Luminal Subtypes
621. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â HER2-Enriched Subtype
622. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Triple-Negative Subtypes
623. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutational Profiles in Breast Cancer by Molecular Subtype
624. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Transcriptional Profiles of Breast CancerâPrognosis and Benefit of Therapy
625. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 70-Gene Assay (Mammaprint)
626. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 21-Gene Recurrence Score (Oncotype DX)
627. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Prediction Analysis of Microarray-50 (PAM50, PAM50 Risk of Recurrence Score, or Prosigna)
628. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 12-Gene Risk Score (Endopredict)
629. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Two-Gene Ratio (Breast Cancer Index)
630. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Epigenetics of Breast Cancer
631. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Protein/Pathway Alterations
632. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Estrogen Receptor Pathway
633. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Growth Factor Receptor Pathways
634. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Human Epidermal Growth Factor Receptor 2
635. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAS and Phosphatidylinositol 3-Kinase Signaling Pathways
636. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cyclin-Dependent Kinases
637. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
25. Molecular Biology of Endocrine Tumors
638. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Zeyad T. Sahli, Brittany A. Avin, and Martha A. Zeiger
639. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Endocrine Syndromes
640. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Multiple Endocrine Neoplasia Type 1
641. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Features
642. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Genetics of MEN1
643. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Multiple Endocrine Neoplasia Type 2
644. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Features of MEN2A
645. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Features of MEN2B
646. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Genetics of MEN2
647. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Multiple Endocrine Neoplasia Type 4
648. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Carney Complex
649. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Clinical Features
650. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Genetics of Carney Complex
651. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adrenal Gland
652. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cortisol-Producing Adenomas
653. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Aldosterone-Producing Adenomas
654. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pheochromocytoma
655. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adrenocortical Carcinoma
656. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Parathyroid Gland
657. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â HyperparathyroidismâJaw Tumor Syndrome
658. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Hypocalciuric Hypercalcemia
659. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Neonatal Severe Hyperparathyroidism
660. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Autosomal Dominant Hypoparathyroidism
661. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Isolated Hyperparathyroidism
662. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pituitary Gland
663. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Familial Isolated Pituitary Adenoma
664. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â X-linked Acrogigantism
665. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â McCune-Albright Syndrome
666. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Paraganglioma, Pheochromocytoma, and Pituitary Adenoma Association
667. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dicer1 Syndrome
668. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Thyroid Gland
669. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Follicular Adenomas
670. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Noninvasive Follicular Thyroid Neoplasm with Papillary-Like Nuclear Features
671. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Papillary Thyroid Cancer
672. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Follicular Thyroid Cancer
673.               Hürthle Cell Carcinoma
674. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Medullary Thyroid Cancer
675. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Anaplastic Thyroid Cancer
676. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Werner Syndrome
677. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Acknowledgments
678. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
26. Molecular Biology of Sarcomas
679. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Samuel Singer and Cristina R. Antonescu
680. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
681. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Soft Tissue Sarcomas
682. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Translocation-Associated Soft Tissue Sarcomas
683. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Myxoid/Round Cell Liposarcoma
684. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ewing Sarcoma
685. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Desmoplastic Small Round Cell Tumor
686. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Synovial Sarcoma
687. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Alveolar Rhabdomyosarcoma
688. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Alveolar Soft Part Sarcoma
689. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Dermatofibrosarcoma Protuberans
690. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Extraskeletal Myxoid Chondrosarcoma
691. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Solitary Fibrous Tumor and Hemangiopericytoma
692. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Soft Tissue Sarcomas of Simple Karyotype Associated With Mutations
693. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Desmoid Fibromatosis
694. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Complex Soft Tissue Sarcoma Types
695. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Well-Differentiated and Dedifferentiated Liposarcoma
696. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pleomorphic Liposarcoma
697. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma (Malignant Fibrous Histiocytoma)
698. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Myxofibrosarcoma
699. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma (Malignant Fibrous Histiocytoma)
700. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Leiomyosarcoma
701. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Malignant Peripheral Nerve Sheath Tumor
702. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Angiosarcoma
703. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bone and Cartilaginous Tumors
704. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cartilaginous Tumors
705. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Enchondroma
706. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Osteochondroma
707. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chondrosarcoma
708. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Osteosarcoma
709. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Future Directions: Next-Generation Sequencing and Functional Screens
710. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
27. Molecular Biology of Cutaneous Melanoma
711. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Michael A. Davies
712. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
713. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Cancer Genome Atlas Effort in Cutaneous Melanoma
714. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Ras-Raf-Mapk Pathway
715. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAF Kinases
716. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAS Family GTPases
717. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â NF1
718. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Additional Oncogenic Pathways
719. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell Cycle Regulators
720. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The p53 Pathway
721. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Phosphatidylinositol 3-Kinase Pathway
722. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Receptor Tyrosine Kinases
723. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RAC1
724. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Telomerase
725. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Triple Wild-Type Melanomas
726. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Melanin Synthesis Pathway
727. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MITF
728. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The MC1R Pathway
729. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Summary and Future Directions
730. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
28. Molecular Biology of Central Nervous System Tumors
731.               Mark W. Youngblood, Jennifer Moliterno Günel, and Murat Günel
732. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
733. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pediatric Brain Tumors
734. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Medulloblastoma
735. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Low-Grade Glioma
736. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â High-Grade Glioma
737. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ependymal Tumors
738. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adult Brain Tumors
739. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Low-Grade Glioma
740. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â High-Grade Glioma
741. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Meningioma
742. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Summary
743. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Acknowledgments
744. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
29. Molecular Biology of Lymphoma
745.               Nicolò Compagno, Laura Pasqualucci, and Riccardo Dalla-Favera
746. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
747. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The Cell of Origin of Lymphoma
748. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â B-Cell Development and the Dynamics of the Germinal Center Reaction
749. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â T-Cell Development
750. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â General Mechanisms of Genetic Alterations in Lymphoma
751. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chromosomal Translocations
752. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Aberrant Somatic Hypermutation
753. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Copy Number Gains and Amplifications
754. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Activating Point Mutations
755. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Inactivating Mutations and Deletions
756. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Infectious Agents
757. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Pathogenesis of B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
758. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mantle Cell Lymphoma
759. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
760. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
761. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Burkitt Lymphoma
762. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
763. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
764. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Follicular Lymphoma
765. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
766. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
767. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Diffuse Large B-Cell Lymphoma
768. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
769. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
770. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Primary Mediastinal B-Cell Lymphoma
771. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
772. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
773. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Marginal Zone Lymphoma
774. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
775. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
776. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Lymphocytic Leukemia
777. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
778. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
779. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Pathogenesis of T-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
780. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma (HTLV-1 Positive)
781. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
782. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
783. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Angioimmunoblastic T-Cell Lymphoma
784. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
785. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
786. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Peripheral T-Cell Lymphoma Not Otherwise Specified
787. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
788. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cutaneous T-Cell Lymphoma
789. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Anaplastic Large-Cell Lymphoma
790. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
791. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
792. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hepatosplenic T-Cell Lymphoma
793. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Pathogenesis of Hodgkin Lymphoma
794. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Cell of Origin
795. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Genetic Lesions
796. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
30. Molecular Biology of Acute Leukemias
797. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Glen D. Raffel and Jan Cerny
798. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
799. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Leukemic Stem Cell
800. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Elucidation of Genetic Events in Acute Leukemia
801. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations Affecting Transcription Factors
802. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Core-Binding Factor
803. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Retinoic Acid Receptor Alpha Gene
804. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â HOX Family Members
805.               C/EBPα
806. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â GATA Factors
807. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations that Result in Overexpression of c-MYC
808. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutation of Lymphoid Development Factors in Acute Lymphoid Leukemia
809. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chromosomal Translocations Involving the T-cell Receptor
810. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RBM15/MKL1
811. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations of Epigenetic Modifiers
812. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KMT2A (aka MLL) Translocations
813. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MOZ and TIF2
814. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TET2
815. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â DNMT3A
816. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ASXL1
817. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â EZH2
818. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations Affecting Signaling
819. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Oncogenic RAS Mutations
820. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Activating Mutations in Tyrosine Kinases and Associated Receptors
821. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â BCR/ABL1
822. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FLT3
823. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KIT
824. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MPL
825. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â JAK/STAT Pathway
826. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â CRLF2
827. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Kinases in Ph-Negative Acute Lymphoid Leukemia
828. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations in Tumor Suppressor Genes
829. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â WT1
830. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TP53
831. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Activating Mutations of Notch
832. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations Altering Localization of Npm1
833. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations in Cohesin Complex Genes
834. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutations in Splicing Machinery
835. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Mutational Complementation Groups in Acute Leukemias
836. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
837. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
31. Molecular Biology of Chronic Leukemias
838. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Christopher A. Eide, James S. Blachly, and Anupriya Agarwal
839. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Introduction
840. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Myeloid Leukemia
841. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Pathogenesis
842. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Molecular Anatomy of the BCR-ABL1 Junction
843. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Functional Domains of BCR-ABL1 and Kinase Activation
844. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Signal Transduction
845. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Phosphatidylinositol-3 Kinase
846. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rat Sarcoma/Mitogen-Activated Protein Kinase Pathways
847. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Janus Kinase/Signal Transducer and Activator of Transcription Pathway
848. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â DNA Repair
849. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Myeloid Leukemia Stem Cells
850. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Progression to Blastic Phase
851. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Myeloid Leukemia Bone Marrow Microenvironment
852. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusions
853. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Lymphocytic Leukemia
854. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Origin of Chronic Lymphocytic Leukemia
855. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chromosomal Abnormalities in the Pathogenesis of Chronic Lymphocytic Leukemia
856. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Recurrent Mutations in Chronic Lymphocytic Leukemia
857. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Progression of Chronic Lymphocytic Leukemia: The Role of Genomic Instability and Clonal Evolution
858. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Lymphocytic Leukemia and Proliferation
859. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Chronic Lymphocytic Leukemia and Disrupted Apoptosis
860. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â B-cell Receptor Signaling in Chronic Lymphocytic Leukemia
861. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Conclusion
862. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Acknowledgments
863. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Index
Â
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